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Rapports scientifiques volume 13, Numéro d'article : 8967 (2023) Citer cet article

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Le tartre dentaire est une ressource précieuse pour la reconstruction des habitudes alimentaires et du microbiome oral des populations passées. En 2020, les restes du duc Alessandro Farnese et de son épouse Maria D'Aviz ont été exhumés pour obtenir de nouvelles informations sur les causes de la mort. Cette étude visait à étudier le métabolome du tartre dentaire du couple noble par métabolomique non ciblée. Les échantillons pulvérisés ont été décalcifiés dans un mélange eau-acide formique, extraits au méthanol/acétonitrile et analysés par chromatographie liquide ultra-haute performance couplée à la spectrométrie de masse haute résolution (UHPLC-HRMS) en utilisant une séparation en phase inverse suivie d'une ionisation par électrospray et balayage complet en mode ions positifs et négatifs. Un spectromètre de masse à temps de vol quadripolaire hybride haute définition Waters Synapt-G2-Si a été utilisé. Les caractéristiques importantes ont ensuite été identifiées à l'aide du mode d'acquisition MSE, en enregistrant des informations sur la masse exacte des précurseurs et des ions fragments au cours de la même analyse. Cette approche, associée au prétraitement des données et à l'analyse statistique multivariée, a permis l'identification de composés capables de différencier les échantillons étudiés. Plus de 200 métabolites ont été identifiés, les acides gras, les alcools, les aldéhydes, les phosphatidylcholines, les phosphatidylglycérols, les céramides et les phosphatidylsérines étant les classes les plus abondantes. Des métabolites provenant des aliments, des bactéries et des champignons ont également été déterminés, fournissant des informations sur les habitudes et l'état de santé bucco-dentaire du couple.

Le tartre dentaire est une plaque microbienne minéralisée qui s'accumule à la surface de la dent1. Le minéral est déposé à partir du liquide créviculaire, mais dérive finalement par précipitation de sels de calcium salivaires et pour cette raison, la concentration de tartre est plus élevée dans les sites les plus proches des conduits des glandes salivaires2. Étant principalement composé de constituants inorganiques, parmi lesquels l'hydroxyapatite, la fluorapatite, le phosphate d'octacalcium et la whitlockite3, le tartre dentaire est bien conservé dans les échantillons archéologiques et il peut ensevelir des biomolécules (par exemple, ADN, protéines et lipides) associées au microbiote buccal, l'hôte, et microdébris d'origine exogène4,5,6,7. Par conséquent, au cours des deux dernières décennies, le tartre dentaire a été une ressource importante pour étudier l'état de santé, le mode de vie et l'alimentation des populations passées. La microscopie optique8, la microscopie électronique à balayage, également couplée à la spectroscopie à rayons X à dispersion d'énergie9,10, la pyrolyse-chromatographie en phase gazeuse-spectrométrie de masse11 et les techniques multi-omiques comprenant la protéomique, la génomique et la métabolomique12,13 se sont révélées être des techniques précieuses pour caractériser les débris exogènes piégés dans calcul dentaire, fournissant des informations sur les habitudes et la santé des personnes vivant dans le passé. Pouvant fournir une empreinte complète des échantillons étudiés, les stratégies omiques basées sur la spectrométrie de masse sont particulièrement prometteuses grâce à leur sensibilité, leur haut débit et leur pouvoir discriminant. L'un des avantages les plus importants de ces techniques repose sur leur nature non ciblée, fournissant ainsi des informations sur une pléthore de biomolécules et permettant l'identification de biomarqueurs.

Combinée à l'utilisation de la bioinformatique et des approches computationnelles, la métabolomique joue un rôle clé dans la compréhension du métabolome et dans l'identification des métabolites présents dans les échantillons biologiques14,15,16. Différentes plateformes analytiques, parmi lesquelles la spectrométrie de masse à haute résolution (HRMS) couplée à la fois à la chromatographie en phase gazeuse et liquide (GC-HRMS, GCxGC-HRMS et LC-HRMS) et à la résonance magnétique nucléaire (RMN) peuvent être appliquées pour obtenir une couverture complète de métabolome. En raison de la spécificité, de la sensibilité et de la disponibilité accrues de grandes bases de données spectrales par rapport à la RMN, HRMS a été largement appliqué pour le profilage métabolomique de différents biofluides, tissus et autres échantillons biologiques17,18,19. En particulier, les stratégies analytiques impliquant le couplage en ligne des séparations UHPLC orthogonales avec HRMS représentent les meilleurs outils pour étendre la couverture des métabolites20, car UHPLC se classe parmi les techniques de séparation les plus efficaces21 et sa combinaison avec HRMS permet l'identification d'une large gamme de métabolites22.

Récemment, Velsko et ses co-auteurs ont étudié le métabolome du tartre dentaire dans des spécimens modernes et anciens en utilisant des approches ciblées et non ciblées basées sur la SEP23. En particulier, l'utilisation à la fois de l'UHPLC couplée à la spectrométrie de masse en tandem à haute résolution (UHPLC-HRMS/MS) et de la GC-HRMS a permis l'identification de métabolites appartenant à différentes classes chimiques, principalement des lipides et des acides aminés, ainsi que plusieurs composés xénobiotiques, fournir un aperçu de l'activité du microbiome, des processus métaboliques et des schémas de dégradation.

Dans la présente étude, UHPLC-HRMS utilisant un spectromètre de masse QTOF Synapt-G2-Si High-Definition (HD)MS QTOF quadripolaire hybride Waters a été appliqué pour étudier le métabolome du tartre dentaire du duc Alessandro Farnese et de sa femme Maria D'Aviz, qui a gouverné le duché de Parme et Plaisance au XVIe siècle. Alessandro Farnèse (1545-1592), membre clé de la cour de Philippe II d'Espagne, fut l'un des chefs militaires et politiques les plus influents du XVIe siècle et remporta de nombreuses victoires, notamment en Flandre, où il fut gouverneur pendant 15 ans. L'envie suscitée par son succès fait soupçonner que sa mort pourrait être causée par un empoisonnement. Pour dissiper ce doute, en 2020, les restes d'Alessandro Farnese et de sa femme ont été exhumés de la crypte de la basilique Santa Maria della Steccata à Parme (Italie). Après ouverture de l'étui en plomb contenant les restes, les dents ont été soumises à une analyse morphologique. La principale caractéristique de la dentition d'Alessandro Farnese était une usure sévère, tandis que les dents de Maria D'Aviz étaient caractérisées par la présence de caries et de maladies parodontales24. Ces découvertes pourraient être associées au style de vie différent du couple noble, le duc Farnèse passant la majeure partie de sa vie d'adulte sur les champs de bataille de toute l'Europe, et sa femme conservant les habitudes de la cour portugaise dans la ville de Parme. Dans ce contexte, nous avons testé la capacité de l'UHPLC-HRMS fonctionnant en mode MSE à balayage pour étudier les différences dans le profil métabolomique du tartre dentaire du duc et de son épouse, dans le but final d'obtenir de nouvelles informations sur les causes de décès d'Alessandro Farnese, ainsi que sur les mœurs, l'état de santé et l'alimentation du couple noble.

L'analyse HRMS a été appliquée pour obtenir une identification hautement fiable des métabolites présents dans le tartre dentaire du couple noble. Les capacités du spectromètre de masse Waters Synapt G2-Si HD pour le profilage de matrice complexe ont été exploitées en fonctionnant en mode MSE : l'utilisation d'une acquisition de balayage alternée des profils à basse et haute énergie fournit des informations sur les ions précurseurs et fragments en un seul exécuter avec un cycle de service supérieur à d'autres techniques d'analyse indépendantes des données.

En raison de la faible quantité d'échantillons disponibles, les conditions expérimentales les plus appropriées pour l'extraction et l'analyse ont été évaluées au préalable à l'aide d'échantillons de tartre dentaire modernes en fonctionnant à la fois en mode PI et NI. Les effets du rapport entre la phase aqueuse et la phase organique pour la procédure d'extraction et le volume d'injection ont été étudiés : un rapport de 1:3 a été utilisé pour induire la précipitation des protéines, évitant une forte dilution des métabolites extraits, tandis que 8 µL ont été injectés dans obtenir des intensités de signal adéquates pour effectuer des mesures (Fig. 1). Une bonne répétabilité a également été obtenue en termes de surface des pics chromatographiques sélectionnés avec des écarts-types relatifs toujours inférieurs à 5 et 7% pour les modes PI et NI, respectivement.

Chromatogrammes UHPLC-HRMS en mode PI d'échantillons de tartre dentaire de : en haut) Maria D'Aviz et en bas) Duke Alessandro Farnese. Colonne : Atlantis Premier BEH C18 AX 1,7 μm (2,1 × 100 mm) ; phase mobile : (A) eau + 0,1 % (v/v) acide formique et (B) acétonitrile + 0,1 % (v/v) acide formique ; volume d'injection : 8 µL.

Le nombre élevé de caractéristiques générées par HRMS est l'un des aspects les plus difficiles de la métabolomique non ciblée : dans ce contexte, des stratégies de filtrage et de réduction des données doivent être appliquées pour sélectionner les valeurs m/z significatives pour leur identification ultérieure en fonction de la précision mesurée. masse des ions précurseurs et fragments.

Un total de 5918 et 5689 caractéristiques ont été extraites dans l'échantillon de tartre dentaire du duc Alessandro Farnese en opérant respectivement en mode PI et NI, tandis que 5525 et 4728 caractéristiques ont été enregistrées dans le spécimen de sa femme Maria D'Aviz. Pour mettre en évidence les caractéristiques responsables de la différenciation entre les échantillons du couple noble, seuls ceux ayant une variabilité intra-groupe de 10% maximum ont été retenus pour le traitement ultérieur. Un changement de pli minimum de 3 par rapport aux échantillons à blanc d'extraction a également été appliqué pour corriger le niveau de bruit dans les chromatogrammes des échantillons de tartre dentaire. Enfin, une valeur de 0,8 a été définie comme valeur de référence pour l'analyse de puissance statistique afin de détecter les effets réels dans l'ensemble de données analysé. En appliquant les filtres mentionnés ci-dessus, un total de 4859 caractéristiques a été obtenu.

Une analyse statistique multivariée a été réalisée à l'aide d'une analyse en composantes principales (ACP) avec 99 % de la variance totale expliquée par les 6 premiers PC. Comme le montre la figure 2, une bonne séparation entre les échantillons de tartre dentaire du duc Alessandro Farnese et de sa femme a été obtenue le long de PC1, représentant plus de 87 % de la variance totale. Une réduction supplémentaire du nombre de caractéristiques (4227) a été obtenue en ne soumettant au processus d'identification que les variables ayant un score absolu dans le diagramme de chargement supérieur à 0,8 sur PC1 (Fig. 2c).

PCA : (a) graphique de chargement et (b) graphique de score de toutes les caractéristiques ; (c) mise en évidence des fonctionnalités ayant |loading |> 0.8.

Tenant compte du fait qu'aucune information a priori n'était disponible à des fins d'élucidation, l'identification des composés a été réalisée en tenant compte de toutes les informations provenant de mesures de masse précises, d'études de fragmentation, d'analyse du modèle isotopique, de correspondance de bibliothèque et d'ajustement de score.

Au total, 217 métabolites appartenant à différentes classes ont été identifiés (tableau S1). Les sphingolipides, les glycérophospholipides et les acyles gras étaient les classes chimiques les plus abondantes, représentant 132 composés. La présence d'un nombre élevé de lipides n'est pas surprenante : dans une précédente étude sur le métabolome moderne et ancien du tartre dentaire, Velsko et al. ont mis en évidence l'influence de la solubilité aqueuse sur la conservation des composés, en supposant que les composés caractérisés par une forte solubilité dans l'eau pouvaient être dégradés plus facilement23. Sur la base de ces découvertes, la nature non polaire des lipides peut favoriser leur conservation dans le temps. De plus, la présence d'acides gras saturés était presque le double de celle d'acides gras insaturés : selon Rogoz et al.12, ce comportement peut être attribué à la stabilité oxydative réduite des composés insaturés, conduisant ainsi à une dégradation plus facile. Onze acides aminés ont été détectés : ces composés pourraient également subir des modifications dans le temps ; par exemple, la présence de tyramine peut être liée à la décarboxylation de la tyrosine à la suite de processus de fermentation ou de décomposition bactérienne. La tyramine a été principalement détectée dans le calcul dentaire du duc Alessandro Farnese. Considérant que le duc a passé la majeure partie de sa vie sur les champs de bataille du nord de l'Europe, la présence de tyramine pourrait être liée à la consommation d'aliments de longue conservation, tels que le fromage assaisonné, le hareng séché ou fumé, la venaison, la charcuterie et les boissons fermentées25.

Parmi les composés potentiellement imputables aux habitudes alimentaires du Duc, la cucurbitine et la catéchine 5-O-beta-d-glucopyranoside-4'-Me pourraient être liées à la consommation d'aliments typiques présents sur les tables d'Europe du Nord comme les cucurbitacées et la rhubarbe26, 27. En revanche, le 3-hydroxy-3-méthyloxindole, le riboside de l'acide imidazoleacétique, le 2-(méthylamino)-1-phényléthanol et l'arginyl hydroxyproline peuvent être liés aux habitudes alimentaires de Maria D'Aviz : en effet, selon Human Metabolome DataBase and Food DataBase (FooDB), ces composés pourraient être considérés comme des biomarqueurs potentiels pour la consommation d'anatidés, de poulets et de porcs domestiques et on sait que Maria D'Aviz utilisait la volaille comme ingrédient principal de plusieurs recettes décrites dans son célèbre livre de cuisine28.

Parmi les métabolites couramment trouvés dans les épices et le thé, le salicylaldéhyde, le DAG (32: 4), le capsiamide, l'estragole, les phénylpyridines et l'eugénol quinone méthide (EQM) figuraient parmi les composés détectés principalement dans le tartre dentaire de Maria D'Aviz. La consommation de ces aliments n'est pas surprenante : Maria D'Aviz était membre de la cour portugaise, et les épices, fréquemment citées dans le livre de cuisine de la noble, pouvaient facilement être importées des Açores, la plus importante colonie de l'empire portugais et l'Asie29.

Quant aux salicylates, ils sont contenus dans les herbes, les épices et le thé30 et on sait que les extraits de plantes riches en salicylates, en raison de leurs effets anti-inflammatoires et antipyrétiques, ont été utilisés dans l'Antiquité pour traiter différentes maladies humaines31.

La présence d'EQM, un dérivé d'oxydation de l'eugénol32,33 peut s'expliquer non seulement en considérant l'apport alimentaire d'épices telles que les clous de girofle, la noix de muscade et la cannelle34, mais aussi les effets anti-inflammatoires et analgésiques des remèdes à base d'eugénol35, qui ont été utilisé pour traiter les maux de dents, une pathologie qui a touché Maria D'Aviz. Cependant, la présence d'EQM pourrait également être attribuée à l'utilisation d'essences pour l'embaumement, une pratique utilisée par les nobles au XVIe siècle36,37. De même, la présence d'autres métabolites dérivés de fruits et d'agrumes comme l'hespéridine, la néohespéridine, la narirutine, la naringine chalcone, la dihydroxycitracridone I, l'amphibine H, qui ont été observés dans le tartre dentaire du couple noble, pourrait s'expliquer en tenant compte à la fois de la consommation alimentaire et leur utilisation comme parfums et essences utilisées dans la pratique de l'embaumement.

En ce qui concerne le microbiome buccal, certains des composés détectés peuvent également être attribués au métabolisme des champignons et des bactéries. Un résultat intéressant est lié à la présence du métabolite TMC-34 dérivé d'Actinomyces, qui sont impliqués dans le développement de la parodontite38,39,40. Ce métabolite était principalement présent dans le tartre dentaire de Maria D'Aviz, et on sait que la femme noble souffrait de caries et de maladies parodontales24.

Des métabolites supplémentaires comme les glycérophospholipides PIM1(37:3), LPIM4(18:2) et LPIM4(19:2) liés à la bactérie Mycobacterium tuberculosis ont également été identifiés41. Après sa mort, l'autopsie du duc Alessandro Farnese a révélé la présence de maladies pulmonaires42 confirmées par les résultats obtenus lors de l'exhumation en 202043, suggérant ainsi une pneumonie, une maladie répandue aux XVe et XVIe siècles44,45.

Il faut également souligner la présence de différents métabolites de Saccharomyces cerevisiae, à savoir C16 phytosphingosine, C20 phytosphingosine, MIPC 42:0;O3, MIPC 40:0;O2, PI-Cer(d46:0)46, qui peuvent être apparentés aux processus de panification et de fermentation associés à la vinification et au brassage47,48. Enfin, la présence d'autres métabolites comme le pénipacide B (acide 2-[[N-(2-méthoxy-2-méthylpropyl)-C-méthylcarbonimidoyl]amino]benzoïque), la versixanthone E, l'asperversine G ou la 2,4,6,8 -tétraméthyl-3,4-dihydroxydéc-8(9)-énolide, dérivant des champignons Penicillium paneum, Aspergillus versicolor et Botrytis cinerea, peut être lié aux habitudes alimentaires du couple noble. Pouvant contaminer les céréales, les oléagineux et les noix, ces moisissures sont principalement impliquées dans la détérioration du pain49,50,51. Ces découvertes suggèrent que les membres des classes supérieures vivant à la Renaissance consommaient également du pain séché et mal conservé.

La métabolomique non ciblée utilisant l'UHPLC couplée au système Waters Synapt G2-Si HDMS a été appliquée avec succès pour analyser le métabolome du tartre dentaire des personnes vivant dans l'Antiquité. En ce qui concerne la métabolomique non ciblée du duc Alessandro Farnese et de son épouse Maria D'Aviz, la capacité de séparer efficacement les composants de tels échantillons complexes combinée à une acquisition indépendante des données par MSE haute résolution permet de maximiser les informations obtenues à partir des échantillons étudiés en enregistrant à la fois les faibles -profils d'énergie et d'énergie de collision élevée liés à tous les composés en une seule passe. L'UHPLC-HRMS suivie de l'analyse en composantes principales a été utilisée avec succès pour la différenciation des échantillons du couple noble permettant l'identification de plus de 200 métabolites capables de fournir de nouvelles informations sur les habitudes alimentaires et l'état de santé du duc Alessandro Farnese et de son épouse. D'après le résultat de l'analyse métabolomique, il a suggéré que la combinaison de LC-HRMS avec PCA offre une technique analytique puissante pour différencier le tartre dentaire dans les spécimens anciens et identifier les marqueurs de métabolites, qui ont un rôle essentiel dans la différenciation des échantillons, selon l'analyse médico-légale des restes , la présence de métabolites liés à Mycobacterium tuberculosis peut être considérée comme une étape précieuse pour clarifier les causes de la mort du duc, tandis que l'identification de composés dérivant de la consommation d'aliments a confirmé les différents modes de vie du couple noble.

L'eau de qualité LC-MS, l'acétonitrile, le méthanol et l'acide formique ont été achetés auprès de Honeywell Burdick & Jackson (Charlotte, NC, USA). L'étalon d'enképhaline de leucine a été obtenu à partir du kit d'échantillons Waters TOF G2-S Sample Kit-1 (Waters, Milford, MA, USA).

Le tartre dentaire historique a été recueilli sur les restes du duc Alessandro Farnese et de Maria D'Aviz après leur exhumation en 2020 de la basilique de Santa Maria della Steccata (Parme, Italie). Le notaire Dr. Marco Micheli à Parme a accordé l'autorisation pour l'exhumation et pour l'analyse ultérieure. Au cours des procédures d'examen physique des dents, le tartre du couple a été recueilli à l'aide d'une curette stérile en suivant les protocoles pour éviter la contamination croisée, puis il a été stocké dans des flacons en verre jusqu'à l'analyse52,53. Selon les directives pour l'identification des cas à soumettre au comité d'éthique de la zone Vasta Emilia Nord (https://www.aou.mo.it/ComitatoEticoAVEN), aucune approbation n'était requise.

Des échantillons de tartre dentaire moderne de quatre donneurs sains à utiliser pour évaluer à la fois les conditions d'extraction et chromatographiques ont été obtenus lors de séances d'hygiène buccale professionnelles. Selon les directives pour l'identification des cas à soumettre au comité d'éthique de la zone Vasta Emilia Nord (https://www.aou.mo.it/ComitatoEticoAVEN), aucune approbation n'était requise. Le prélèvement des échantillons a été effectué conformément à la Déclaration d'Helsinki. Le consentement éclairé a été obtenu des donneurs.

Après la collecte, les échantillons de tartre dentaire historiques et modernes ont été congelés à -80 ° C jusqu'à l'extraction des métabolites. La décalcification des échantillons a été effectuée selon Velsko et al.23 avec une légère modification : les échantillons (20 mg) ont été délicatement réduits en poudre dans un mortier d'agate, placés dans des flacons en verre stériles et décalcifiés avec 100 μL d'acide formique à 4 % (v/v) dans eau à 4 °C pendant 18 jours en effectuant une sonication à intervalles réguliers. Les échantillons à soumettre à l'analyse UHPLC-HRMS en mode ESI- ont été neutralisés par l'ajout de 15 µL d'une solution d'hydroxyde d'ammonium 5 M. Enfin, 300 µL d'une solution acétonitrile/méthanol 1:1 (v:v) ont été ajoutés aux échantillons, qui ont été centrifugés à 12 000 xg à 4°C pendant 30 min. Le surnageant a ensuite été collecté et soumis à l'analyse UHPLC-HRMS. Un échantillon obtenu en mélangeant les extraits du duc Alessandro Farnese et de son épouse a été utilisé comme échantillon de contrôle de qualité.

La séparation chromatographique a été effectuée sur un système binaire Acquity UHPLC I-Class (Waters) à l'aide d'une colonne Atlantis™ Premier BEH™ C18 AX 1,7 μm (2,1 × 100 mm) (Waters), thermostatée à 40 °C. La phase mobile était constituée d'eau (solvant A) et d'acétonitrile (solvant B), tous deux contenant 0,1 % (v/v) d'acide formique. Le débit était de 0,4 mL/min et le volume d'injection était de 8 μL. Une élution en gradient linéaire en plusieurs étapes a été réalisée dans les conditions suivantes : le solvant B a été fixé à 2 % pendant 1 min, suivi d'un gradient linéaire à 60 % en 6 min, puis à 95 % en 1,5 min, maintenu pendant 1,5 min avant la colonne rééquilibrage (5 min). L'élution a été réalisée en 10 min.

Les analyses HRMS ont été effectuées sur un spectromètre de masse Synapt G2-Si HDMS QTOF (Waters SpA, Milan, Italie) avec une ionisation par électrospray (ESI) Zspray ™ (Waters) en mode ion positif (PI) et négatif (NI). La correction de masse pendant les cycles chromatographiques a été effectuée en utilisant une solution de leucine-enképhaline (50 ng/mL dans de l'acétonitrile/eau, 50:50 (v/v) avec 0,1 % d'acide formique) comme masse de verrouillage, en l'infusant à travers le système LockSpray™ (Waters ) avec un intervalle de 15 s. Les expériences ont été menées en mode de résolution (20000 FWHM). Les paramètres de fonctionnement étaient les suivants : tension capillaire, 0,80 et 0,50 kV en ESI+ et ESI- respectivement ; tension de cône, 50 V ; température de la source, 150 °C ; décalage source 80 V ; température de désolvatation, 600 °C; gaz conique, 50 L/h; gaz de désolvatation, 1000 L/h ; pression du nébuliseur 6,5 bar. Les spectres ont été acquis en fonctionnant en mode d'acquisition MSE indépendant des données en appliquant 5 V comme énergie de collision pour le profil basse énergie et en utilisant une rampe d'énergie de collision de 25 à 45 V pour le profil haute énergie.

Les données UHPLC-HRMS ont été enregistrées dans des fichiers *.raw en utilisant le logiciel MassLynx (v4.2) (Waters).

L'analyse des données a été effectuée en traitant les données .raw dans le logiciel Progenesis QI (Waters, Milford, MA, USA). Le logiciel permet l'analyse de la visualisation des données, la création de cartes 2D et l'analyse des chromatogrammes et des spectres. Le programme fournit l'auto-alignement des signaux, le pic de crête, la déconvolution et la normalisation54,55. Les adduits suivants ont été considérés : [M+H]+, [M+Na]+, [M+K]+, [M+NH4]+, [M+H2O+H]+, [M−H2O+H] +, [M+2H]2+, [M+2Na]2+, [M+2Na−H]+, [2M+H]+, [2M+Na]+, [M+H+Na]2+ en PI, et [M−H]−, [M+H2O−H]−, [M−H2O−H]−, [M+HCOO]−, [2M−H]−, [M+Na−2H] −, [M+K−2H]− dans NI.

Les données ont été filtrées en fixant une variabilité intra-groupe maximale de 10 %, une valeur d'analyse de puissance > 0,8 et un pli minimum de 3 par rapport au blanc de la méthode.

L'ACP a été réalisée pour explorer l'ensemble de données et obtenir les caractéristiques capables de différencier les échantillons appartenant au duc Alessandro Farnese et à Maria D'Aviz. L'identification des composés a été réalisée en comparant les spectres avec ceux stockés dans différentes bibliothèques en ligne ChemSpider, à savoir HMDB, FooDB, E. coli Metabolome Database, Yeast Metabolome Database, LipidMAPS, NPAtlas et KEGG Database, en utilisant une tolérance d'erreur de masse de 5 ppm pour les ions précurseurs et 10 ppm pour les ions fragments.

Les abréviations des glycérophospholipides LIPID MAPS® (PC, PE, etc.) sont utilisées ici pour désigner les analytes identifiés.

Les ensembles de données utilisés et analysés au cours de la présente étude sont disponibles auprès de l'auteur correspondant sur demande raisonnable.

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Le coût du logiciel Progenesis QI utilisé pour cette étude expérimentale a été pris en charge par le ministère de l'Université et de la Recherche (arrêté ministériel n° 737 du 25/06/2021) et cofinancé par l'Université de Parme dans le cadre du "Programme de mise à niveau de l'instrumentation scientifique 2022". Ce travail a bénéficié de l'équipement et du cadre de l'initiative COMP-HUB, financée par le programme «Départements d'excellence» du ministère italien de l'Éducation, de l'Université et de la Recherche (MIUR, 2018-2022).

Département de chimie, sciences de la vie et durabilité environnementale, Université de Parme, Parco Area Delle Scienze 17/A, 43124, Parme, Italie

Nicolo' Riboni, Federica Bianchi, Monica Mattarozzi & Maria Careri

Département de médecine et de chirurgie, Centre universitaire de médecine dentaire, Université de Parme, Via Gramsci 14, 43126, Parme, Italie

Marianna Peracchia et Marco Meleti

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Conceptualisation : FB, NR, M.Ma. ; Enquête : NR, FB, M.Ma., MP, M.Me. ; Méthodologie : NR, FB, M.Ma., MC ; Rédaction — brouillon original : NR, FB ; Rédaction—révision et édition : NR, FB, M.Ma., MP, M.Me., MC

Correspondance à Nicolo' Riboni ou Federica Bianchi.

Les auteurs ne déclarent aucun intérêt concurrent.

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Réimpressions et autorisations

Riboni, N., Bianchi, F., Mattarozzi, M. et al. Chromatographie liquide ultra-haute performance spectrométrie de masse haute résolution pour l'analyse métabolomique du tartre dentaire de Duke Alessandro Farnese et Maria D'Aviz. Sci Rep 13, 8967 (2023). https://doi.org/10.1038/s41598-023-36177-2

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Reçu : 18 décembre 2022

Accepté : 30 mai 2023

Publié: 02 juin 2023

DOI : https://doi.org/10.1038/s41598-023-36177-2

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